Struktur organisasi adalah sistem yang digunakan untuk mendefinisikan hierarki dalam sebuah organisasi dengan tujuan menetapkan cara sebuah organisasi dapat beroperasi, dan membantu organisasi tersebut dalam mencapai tujuan yang ditetapkan di masa depan.
Direktorat Jenderal Kependudukan dan Pencatatan Sipil, terdiri atas:
- Sekretariat Direktorat Jenderal;
- Direktorat Pendaftaran Penduduk;
- Direktorat Pencatatan Sipil;
- Direktorat Pengelolaan Informasi Administrasi Kependudukan;
- Direktorat Bina Aparatur Kependudukan dan Pencatatan Sipil; dan
- Direktorat Fasilitasi Pemanfaatan Data dan Dokumen Kependudukan.